Durant 15 années, quatre tortues transformées en mutant grandissent dans les égouts de New-York, en compagnie de leur père adoptif, le rat Splinter. Elles sortent uniquement pour se ravitailler, même si elles rêvent d'une vie normale. Lors d'une sortie, leur vie connaît un virage inattendu. En effet, après avoir battu un gang, elles font la rencontre d'April O'Neil, une apprentie journaliste, qui les aide à affronter Superfly et son gang de mutants. Elles se lancent alors dans une mission où elles doivent éviter de se faire attraper tout en comptant sur April et leurs victoires pour enfin se faire accepter par les humains...